致命病毒肆虐全球，引发末日危机。疫情爆发一年后，一名幸存的男孩找到台破旧的机器人，两人携手展开了一趟冒险旅途，要寻找神秘的57区。。满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击,柯南这才明白这次的对手将是鲁邦三世，故事由此展开。。
